Die Spitäler fmi AG wird strategisch vom Verwaltungsrat und operativ von der Geschäftsleitung geführt. Diese beiden Gremien bestehen jeweils aus sechs Mitgliedern.
Die Direktion ist der administrative Ausschuss der Geschäftsleitung. Sie setzt sich zusammen aus der Vorsitzenden der Geschäftsleitung sowie den Leitungen der Bereiche Finanzen und Human Resources.